Benamaurel está repartido entre su núcleo principal y sus distintos anejos: Puente Arriba, San Marcos, Cuevas de la Blanca, Huerta Real, Puente Arriba, Cuevas de las Lavaderas y Cuevas de Luna. Emplazado en un islote entre el río Guardal y la Cañada, su hábitat es en mayoría troglodita (casas-cueva).
Hay restos correspondientes al período argárico y también hay vestigios de la época ibérica y de la ocupación romana, entre otros, el paso de la Vía Hercúlea (después Vía Augusta), así como de los visigodos en la Cañada del Salar y el campo de Silos. De la etapa árabe hay numerosas cuevas almohades del siglo XII, época en que a Benamaurel la cita Abi Mohamed ben Rozac en sus escritos. En el XIII se levanta un castillo para defender el territorio de las tropas de Fernando III.
En 1.434 cae en manos castellanas al igual que Benzalema, en una incursión comandada por Fernando Álvarez de Toledo que buscaba después la caída de Guadix y de Baza. Según algunas fuentes, Benamaurel cae en ese año de 1.434 para ser recuperada casi inmediatamente por los musulmanes. Finalmente, en 1.436, Fernando Álvarez de Toledo vuelve a conquistar Benamaurel sin utilizar la fuerza, dejando una guarnición de 150 hombres de armas, 100 ballesteros y 100 escuderos.
En 1.446, vuelve a pasar a manos nazaríes (Muhammad X, Aben Ozmin, también llamado El Cojo). Esta toma, según las crónicas fue especialmente violenta, pereciendo en la defensa numerosos cristianos, así como bastantes atacantes. El rey Aben Ozmin estaba determinado en conquistar el mayor números de plazas cristianas y aprovechó las penurias y escasas provisiones que recibía Benamaurel, cuyo alcaide pedía insistentemente pero que no recibía. El alcaide Juan de Herrera fue hecho prisionero en la batalla, y utilizado para intentar convencer al alcaide de Benzalema, Álvaro de Pellecín, de que rindiera las armas, cosa que no consiguió, lo que provocó que el violento asalto a la fortaleza de Benzalema resultara con la muerte de todos sus defensores, incluido el alcaide.
En 1488 cayó definitivamente del lado de los cristianos, aunque un año después tuvieron que sofocar una rebelión contra el conde de Tendilla. Tras la expulsión de los moriscos quedó casi deshabitada.
Sufrió un terrible terremoto en 1531 que asoló la fortaleza y después pasó a depender de Baza hasta que se separó de nuevo en 1628 y fue vendida al duque de Alba cinco años después. Las guerras carlistas, en el XIX, la afectaron mucho (provocaron el incendio de la Iglesia de Anunciación) y antes, durante la invasión napoleónica, fueron protagonistas sus vecinos al auxiliar de manera decisiva al general O`Donnell y negar la pólvora de sus fábricas a los franceses.
En 1.885 Benamaurel sufre una grave epidemia de cólera, cuyas consecuencias son alrededor de 200 fallecidos.
